Der Tunnel wird nicht unterirdisch gebohrt, sondern in der Deckel-Bauweise erstellt. Das heißt, nacheinander werden zunächst Wände und Decken der Tunnelröhren von oben in den Grund gebaut. Danach wird über die künftigen Portale das darin verbliebene Erdreich ausgegraben. Durch diese Bauweise muss der Verkehr im Baustellenbereich der B2R so gut wie nie komplett zum Erliegen kommen. Allerdings werden die verbliebenen schmäleren Fahrbahnen abhängig vom Bauabschnitt mehrfach verlegt.

Nach Fertigstellung ergeben sich überirdisch drei Abschnitte: Im längsten Abschnitt zwischen der BAB 96 und dem Südende des Luise-Kiesselbach-Platzes verbleiben Straßen an der Oberfläche. Zwischen Murnauer- und Höglwörther Straße werden die Fahrbahnen in sieben Meter Tiefe offen als Trog geführt und zusätzlich mit Schallschutzwänden versehen. Über dem östlichen Tunnelabschnitt bis zur Passauerstraße wird kein Verkehr mehr fließen und stattdessen ein Park entstehen.